ഹരിത കേരളത്തിന്റെ ആകര്ഷികമായ വേമ്പനാടുകായല് ഇന്ന് നേരിടുന്ന അതിരൂക്ഷമായ പ്രശ്നമാണ് മാലിന്യ പ്രശ്നം. തണ്ണീര്മുക്കം ബണ്ട് അടച്ചതോടെ വേമ്പനാട് കായലില് മാലിന്യ പ്രശ്നം രൂക്ഷമായി. ജലം കൂടുതല് മലിനമായതോടെ കായലിലെമ്പാടും പോളി അടിഞ്ഞ്ക്കൂടി. കോഴിമാലിന്യം അടക്കം ബണ്ടില്ക്കൊണ്ട് തള്ളുന്നത് പതിവായിരിക്കുകയാണ്. പോളയുടെ ആധിക്യമാണ് ജലാശയത്തെക്കൂടുതല് മലിനമാക്കുന്നത്. വെള്ളത്തിന് ഇപ്പോള് ഒഴുക്കില്ലാത്തതിനാല് മാലിന്യങ്ങള് ഇങ്ങനെ കെട്ടിക്കിടക്കുകയാണ്. പകലെക്കാള് രാത്രിയിലാണ് കോഴിമാലിന്യങ്ങള് ഉള്പ്പടെ കായലിലേക്ക് തള്ളുന്നത്. ഏറ്റവും കൂടുതല് വിനോദസഞ്ചാരികളെ ആകര്ഷിക്കുന്ന ഒന്നാണ് വേമ്പനാടു കായല് എന്നാല് സഞ്ചാരികള്ക്കുപോലും നില്ക്കാന് പറ്റാത്ത വിധം രൂക്ഷമായ ദുര്ഗന്ധമാണ് ഇവിടെ.
വേമ്പനാടു കായലിലെ ഒരു പ്രധാന ആകര്ഷണം ആണ് തണ്ണീര്മുക്കം ബണ്ട്. കുട്ടനാട്ടിലെ നെല്കൃഷി ഉപ്പ് വെള്ളത്തില് നിന്നും സംരക്ഷിക്കുന്നതിനു വേണ്ടി കുട്ടനാട് വികസന പദ്ധതിയുടെ ഭാഗമായി നിര്മിച്ചതാണ് ഇത്. ഇതുകൊണ്ടു കുട്ടനാട്ടില് വര്ഷം മുഴുവന് ശുദ്ധജലം ലഭിക്കുന്നു. ഇതു കുട്ടനാട്ടിലെ നെല്കൃഷിക്ക് സഹായം അയെങ്കിലും അനേകം പാരിസ്ഥിതിക പ്രശ്നങ്ങള് ഇതു മൂലം ഉണ്ടായിട്ടുണ്ട്. കായലിലെ സ്വാഭാവിക ഒഴുക്ക് തടസപ്പെട്ടത് മൂലം കുട്ടനാട്ടിലെ കായലില് മാലിന്യം അടിഞ്ഞു കൂടുന്നുണ്ട്. ആഫ്രിക്കന് പായലിന്റെ അനിയന്ത്രിതമായ വളര്ചയുടെ കാരണവും തണ്ണീര്മുക്കം ബണ്ടാണെന്നു പറയപ്പെടുന്നു.എന്നിരുന്നാലും വേമ്പനാട്ടു കായലിന്റെ അതിമനോഹരമായ കാഴ്ചയാണ് തണ്ണീര്മുക്കം ബണ്ടില് നിന്നുള്ളത്. വേമ്പനാടു കായലിന്റെ സംരക്ഷണത്തിനുള്ള നടപടി എടുക്കണ്ട സമയം അതിക്രമിച്ച് കഴിഞ്ഞിരിക്കുകയാണ്.